NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据

来源：学生作业帮助网编辑：作业帮时间：2024/05/08 02:32:33

NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据
NCBI选择数据库
我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．
选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.
是什么原因,这两种数据库有什么不同,应该以哪个为准呢.
我测的片段只有 200bp,有没有关系的?

NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据
原理很简单后者是前者的子集.chromosome只包含所有已经测序的基因组数据.估计你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多.
在做BLAST的时候,我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库.例如,要看一下测的序列是不是子集所期望的序列,以及,那nr数据库是最好的选择.至于以谁为准,因需要解决的问题而异.读一下blast每个数据库的定义,对于你选择数据库最有帮助.有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求.少数特殊需求可以通过其他数据库完成,例如最近30天内的更新序列,搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据.详参NCBI Blast说明.

NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据 ncbi ORF Finder 用法怎么选择出现的结果啊 NCBI 中Gl 我在查询NCBI,发现查询的结果中有类似这样的标号：NP_001044802.1 GI:115441045, 在NCBI里的CDS是什么意思? NCBI 有宏基因组数据库吗 NCBI 使用我需要检索两个酵母菌的酶的基因序列,在NCBI上面总是出来太多结果,无法筛选.菌名：酵母菌基因：细胞色素C 异柠檬酸裂解酶 16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我怎么查找蛋白功能?我的一段DNA序列在NCBI的blastX数据库中对比发现其编码蛋白与一putative WD-40 repeat protein 同源,我现在想知道这一蛋白的功能,可不知道怎么查, 老师给了个蛋白质ID（Q1LZ53）.我在NCBI搜.只有一个结果.想得到PDB文件,但在RCSB上却搜到4个结果.我该选择哪一个? （生物信息学）用NCBI primer-blast设计引物的时候“misprimed product”是啥意思NCBI primer-blast的数据库构建是什么原理呢? 我要查询所有物种的mRNA序列在NCBI哪个里面能教我怎么在NCBI上查蛋白质的一级结构吗? NCBI上的STS是什么意思 OMPA的基因序列是什么?怎么在NCBI上查? NCBI有多少数据库,分别有什么作用 NCBI的genebank里的叶绿体全基因组我看到有文献写到2010年有176个,2011年底有249个,可我在genome里查找chloroplast只有130个结果,有的结果比如第4个Spirodela polyrhiza里organelles下面还没有数据的NCBI中选我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?我有一段序列,在NCBI上比对之后,找到一段相似度99%的序列,然后手动将这两段序列用DNAMAN比如何知道NCBI中某基因组的发表时间(或测序时间)